Paramos paraiškos gali būti pradėtos vertinti nelaukiant paramos paraiškų priėmimo termino pabaigos. Tuo atveju kai paramos paraiškos pradedamos vertinti nesibaigus paramos paraiškų priėmimo laikotarpiui paramos paraiškos vertinimas negali trukti ilgiau kaip 3 mėnesius nuo jos užregistravimo Mokėjimo agentūroje dienos. Tuo atveju kai paramos paraiškos pradedamos vertinti pasibaigus paramos paraiškų priėmimo terminui paramos paraiškos vertinimas negali trukti ilgiau kaip 3 mėnesius nuo paramos paraiškų priėmimo laikotarpio pabaigos. Jeigu paramos paraiškų administravimo metu dalis paraiškų yra išregistruojamos arba priimamas sprendimas dėl paramos nesuteikimo, paramos paraiškų, kurias finansuoti atsirado galimybė tik nuo aplinkybių atsiradimo, vertinimas negali trukti ilgiau kaip 3 mėnesius. Į paramos paraiškų vertinimo terminą neįskaičiuojamas paklausimų pareiškėjui, patikrų vietoje atlikimo, prašymo dėl papildomos informacijos kitoms institucijoms pateikimo ir atsakymo gavimo bei ekspertizės atlikimo terminas. Siunčiant paklausimus pareiškėjui ir (arba) paramos gavėjui, laiškas laikomas įteiktu praėjus 2 darbo dienoms po jo išsiuntimo paštu (registruotu laišku) arba išsiuntimo dieną, kai paklausimas siunčiamas elektroniniu paštu ar per informacines sistemas, jeigu asmuo sutiko, kad informacija jam bus teikiama tokiu būdu. Atskirų Programos priemonių paramos paraiškų vertinimo terminai gali būti numatyti Programos priemonės įgyvendinimo taisyklėse.